怀孕三个月肚子不舒服有可能是受凉，还可能是先兆流产的原因，但不排除是宫外孕，通常需要结合引起的原因，采取合适的治疗方法。
1、受凉：孕妇没有注意做好保暖工作，有可能会导致受凉，还可能会导致胃肠道痉挛的症状，在怀孕的时候如果出现了肚子疼痛的现象，需要做好自身的保暖工作，也可以对肚子部位进行热敷，还可以适当喝一些生姜红糖水。
2、先兆流产：怀孕前期由于胎儿并没有发育完善，很容易受到外界的刺激，有可能会导致先兆流产的状况，因此表现为肚子疼痛还可能会引起阴道出血，做B超检查，如果是选择使用黄体酮胶囊治疗。
3、宫外孕：如果发生了宫外孕，由于胚胎组织胃输卵管部位逐渐增大的胚胎组织，有可能会造成输卵管等组织破裂导致肚子疼痛症状。如果是宫外孕，需要及早地进行手术治疗，比如输卵管切除术。
除了以上因素，也有可能是阑尾炎造成的，可以结合原因采取治疗方案。
